Como tantos otros monumentos históricos integrantes del mejor patrimonio de Europa y de España, también las edificaciones del Valle de Cuelgamuros han surgido a raíz de un acontecimiento bélico. Las circunstancias que concurrieron en la contienda española de 1936-39 indujeron a mantener la evolución de aquel episodio.
Por otra parte, era difícil que la controversia que acompañó y siguió al conflicto no se prolongara en torno al monumento que lo recordaba. No obstante, la resolución de concebirlo a la vez como cruz, templo y panteón común pudo haber sido la fórmula menos improcedente de cuantas era posible arbitrar. Su simbología conectaba con la necesidad de cicatrizar heridas, deponer antagonismos y volver a encontrarse juntos. El carácter sagrado de esos componentes conmemorativos parecía excluir otra idea que no fuera la de una nueva armonía bajo lo que es el signo máximo de la pacificación: la Cruz. Por lo demás, si se atiende a los documentos fundacionales se advierte que el acento se pone directamente sobre los fines religiosos, sociales y culturales al servicio de la obra pendiente de la concordia y de la justicia entre los españoles, aparte de servir como memoria y túmulo de todos los caídos.
La presencia de un monasterio y de unos monjes subraya también, por su parte, ese significado no simplemente rememorativo del lugar, concebido más bien como centro de actividad espiritual y cultural. La Abadía benedictina creada en el Valle recibió la misión de aglutinar y coordinar estas funciones. Sus monjes fundadores son procedentes de Silos y pertenecen a la orden religiosa cuya tradición ha unido más estrechamente ambas vertientes.
La idea del Valle fue que la guerra no se volviera a producir nunca. Así se observa en los documentos fundacionales de 1957 y 1958, en los que se determina la oración por todos los muertos en la guerra; la impetración para España y para el mundo de las bendiciones divinas que obtengan la paz, la prosperidad y el bienestar; la celebración del culto solemne en la Basílica; el esfuerzo de investigación y estudio que aborde los problemas del progreso y de la justicia sociales en España. Por tanto, se observa la exclusión de toda actividad de naturaleza política y, en cambio, una atención directa a los fines de carácter religioso y social, éstos en el plano de la investigación.
Conforme a la finalidad del monumento, en total hay enterrados en la Basílica más de 33.700 caídos de ambos bandos según el registro (ó más de 50.000, según otras estimaciones más probables), procedentes de toda España, por detrás de las dos grandes capillas del Santísimo y del Sepulcro (ambas a los lados del crucero) y de las seis también laterales de la Virgen (en la nave de entrada). Muchos están perfectamente identificados de forma personal y otros vinieron de fosas comunes, lo cual dificultó en su momento también su perfecta contabilización. No hay separación por bandos, sino que están unos y otros entremezclados.
