El Papa Beato Juan XXIII resumió las líneas maestras de la espiritualidad de este monumento en el breve pontificio de 1960 por el que concedió el título de Basílica Menor a la iglesia de Santa Cruz del Valle de los Caídos, que comienza con las siguientes palabras: “Yérguese airoso en una de las cumbres de la sierra de Guadarrama, no lejos de la Villa de Madrid, el signo de la Cruz Redentora, como hito hacia el cielo, meta preclarísima del caminar de la vida terrena, y a la vez extiende sus brazos piadosos a modo de alas protectoras, bajo las cuales los muertos gozan el eterno descanso.
Este monte sobre el que se eleva el signo de la Redención humana, ha sido excavado en inmensa cripta, de modo que en sus entrañas se abre un amplísimo templo, donde se ofrecen sacrificios expiatorios y continuos sufragios por los Caídos en la guerra civil de España, y allí, acabados los padecimientos, terminados los trabajos y aplacadas las luchas, duermen juntos el sueño de la paz, a la vez que se ruega sin cesar por toda la nación española”.
Un poco más adelante, el Papa hace un repaso de los elementos más notorios del templo: “En el frontis ya del templo subterráneo se admira la imagen de la Virgen de los Dolores que abraza en su seno el cuerpo exánime de su Divino Hijo, obra en que nos ha dejado el artista una muestra de arte maravilloso. A través del vestíbulo y de un segundo atrio, y franqueando altísimas verjas forjadas con suma elegancia, se llega al sagrado recinto, adornado con preciosos tapices historiados; se muestra en él patente la piedad de los españoles hacia la Santísima Virgen en seis grandes relieves de elegante escultura, que presiden otras tantas capillas. En el centro del crucero está colocado el Altar Mayor, cuya mesa, de un solo bloque de granito pulimentado, de magnitud asombrosa, está sostenida por una base decorada con bellas imágenes y símbolos. Sobre este altar, y en su vértice, se eleva, en la cumbre de la montaña, la altísima Cruz de que hemos hecho mención. Ni se debe pasar por alto el riquísimo mosaico en que aparecen Cristo en su majestad, la piadosísima Madre de Dios, los apóstoles de España Santiago y San Pablo y otros bienaventurados y héroes que hacen brillar con luz de paraíso la cúpula de este inmenso hipogeo”.
Y por eso concluye diciendo: “Es, pues, este templo, por el orden de su estructura, por el culto que en él se desarrolla y por sus obras de arte, insigne entre los mejores, y lo que es más de apreciar, noble sobre todo por la piedad que inspira y célebre por la concurrencia de los fieles”.
El cardenal Cicognani, enviado por Juan XXIII, incidió también en algunos aspectos fundamentales en la homilía de la Misa de consagración de la Basílica el 4 de junio del mismo año, como la presencia de la Orden de San Benito en el lugar: “Contiguo a la Basílica, se ha edificado un gran Monasterio destinado a una Congregación religiosa, puesta al servicio de los fieles, y se ha escogido para ello una Comunidad de la Orden de San Benito, que tiene la peculiaridad de unir a la dispensatio donorum Dei la obligación de la laus perennis, por la cual la Nación española rezará diariamente con la Iglesia, para la Iglesia, en nombre de la Iglesia. […] Esta Basílica, al igual que toda otra Basílica, debe ser un centro de irradiación espiritual, un santuario adonde se dirijan los sentimientos de adoración y veneración de los fieles. Esta Basílica, dedicada a la Santa Cruz, debe ser como un místico recinto donde las almas se encuentren en su propia atmósfera para meditar los misterios de Dios, especialmente el de la Redención. Cristo crucificado, que se alza aquí en el altar mayor, en una pieza de arte admirable, y en la cumbre de la montaña la altísima Cruz, lanzada a los espacios cual flecha que señala el cielo, como señal de esperanza y garantía de salvación; una cruz que domina todo el valle y lo ilumina cual faro de luz redentora. […] Frente a la Cruz, salen al paso a nuestro espíritu el pensamiento y la doctrina de San Pablo en su Carta a los fieles de Colosas acerca de Cristo y del sacrificio de la Cruz, en el cual ve San Pablo la redención y la reconciliación del género humano con Dios, y la pacificación de todas las cosas, tanto en el cielo como en la tierra, merced al primado que sobre todas las cosas tiene Cristo”.
El cardenal recuerda por eso las finalidades espirituales para las que ha sido construido el monumento: “aplacar asiduamente a Dios, ofrecer sufragios por las almas de los muertos en la guerra y rezar por la Nación española”.
La clave espiritual del monumento, por tanto, es la Redención obrada por Cristo y su valor de reconciliación: entre Dios y los hombres y de éstos entre sí.